Dôvodmi sú dlhotrvajúce vnútroštátne súdne spory súvisiace s bývalým verejným obstarávaním na tento projekt, ako aj vyšetrovanie, ktoré vedie Európska komisia voči Slovensku na podnet vylúčeného uchádzača z tohto tendra, stavebnej skupiny Skanska.
„Európska komisia definitívne nezastavila eurofondy na tento projekt a Slovensko o žiadne peniaze nepríde. Po ukončení vnútroštátnych sporov a konaní na európskej úrovni by mohol byť projekt rekonštrukcie železničnej trate Zlatovce – Trenčianska Teplá prefinancovaný z peňazí v Operačnom programe Integrovaná Infraštruktúra 2014 – 2020,“ informoval hovorca ministerstva dopravy Martin Kóňa.
Voľné peniaze v Operačnom programe Doprava (OPD) 2007 – 2013, namiesto projektu Zlatovce – Trenčianska Teplá, budú na Slovensku využité na iné železničné projekty. Ministerstvo dopravy má pripravených niekoľko náhradných projektov na pokrytie celej alokácie OPD. Projekty modernizácie železničnej infraštruktúry sa podľa rezortu pripravujú paralelne a môžu byť financované buď z tohto končiaceho, alebo z nového programového obdobia eurofondov, v ktorom sú na financovanie oprávnené projekty, ktoré sa realizujú od 1. januára 2014.
Železničný tender po Európskej komisii (EK) začal vyšetrovať aj Európsky úrad pre boj proti podvodom (OLAF). „Veríme, že Slovensku sa podarí svojimi argumentmi Brusel presvedčiť. Tak sa to stalo už vo viacerých sporoch SR s EK. V súvislosti s prešetrovaním OLAF-u, ministerstvo dopravy nepozná predmet podania a nie je účastníkom vyšetrovania. K danej veci sa preto nebudeme vyjadrovať,“ dodal Kóňa s tým, že ministerstvo dopravy bude plne súčinné pri vyšetrovaní Európskeho úradu pre boj proti podvodom.
Najvyšší súd SR vlani v decembri rozhodol, že ŽSR majú znovu vyhodnotiť splnenie podmienok účasti a ponuky vo verejnej súťaži na modernizáciu trate Zlatovce – Trenčianska Teplá. Je to nevyhnutné pre odstránenie akýchkoľvek pochybností o transparentnosti verejného obstarávania a dodržania princípu rovnakého zaobchádzania a nediskriminácie uchádzačov. Úrad pre verejné obstarávanie (ÚVO) má v tendri, uzavretom v roku 2012, opäť posúdiť námietky vylúčenej skupiny stavebných spoločností Skanska SK, a. s. Bratislava a Skanska, a. s. Praha (Skanska). Najvyšší súd v odvolacom konaní zároveň zamietol žalobu ŽSR proti rozhodnutiu ÚVO, ktorý v apríli 2013 potvrdil diskriminačný postup ŽSR k skupine Skanska.
Skanska v súťaži predložila ponuku za 201 mil. eur bez dane z pridanej hodnoty. ŽSR ju zo súťaže opakovane vylúčili, Skanska to označila za diskrimináciu a mala podozrenie z manipulácie pri opätovnom vyhodnotení ponúk. Železnice napokon podpísali v októbri 2012 zmluvu so Združením pod Brezinou na čele so spoločnosťou TSS Grade, a. s. za 245 mil. eur. práce by mali byť hotové začiatkom roka 2016.