Priemerný rozdiel medzi skutočnými a rozpočtovanými výdavkami dosahuje 2,5 miliardy eur, resp. 6,8 percenta skutočných výdavkov. Najvyšší kontrolný úrad SR (NKÚ) dlhodobo upozorňuje tiež na vysoký počet rozpočtových opatrení, ktorými sa mení schválený rozpočet bez vedomia parlamentu. V roku 2020 boli celkové výdavky štátneho rozpočtu navýšené o takmer 7,8 miliardy eur, a to z 18,6 miliardy na viac ako 26 miliárd eur. Na výdavky priamo súvisiace s pandémiou bolo určených necelých 5 miliárd eur.
Súčasťou rozpočtovania býva aj stanovenie stropu, limitu výdavkov na vládnej úrovni, či už pre celú verejnú správu alebo samotné ministerstvá. Výdavkový strop v tomto chápaní predstavuje najvyššie možné obmedzenie pridelených prostriedkov celému verejnému sektoru. Výdavkové stropy však neboli počas kontrolovaného obdobia (2015 – 2019) na Slovensku implementované, hoci v minulom roku bola pripravovaná novela zákona o rozpočtovej zodpovednosti, ktorá ich mala zaviesť. NKÚ aj na základe medzinárodných skúseností podporuje zavedenie výdavkových stropov, pretože sú nevyhnutné pre zabezpečenie dlhodobej udržateľnosti hospodárenia a dosiahnutie prijateľnej zadlženosti.
O nedostatočnej úrovni plánovania svedčí stále vysoký počet rozpočtových opatrení, ktorými sa presúvajú finančné prostriedky medzi jednotlivými kapitolami. Za posledných desať rokov sa ich počet zdvojnásobil. Kým v roku 2011 ich bolo necelých 1600, v minulom roku to bolo už viac ako 3000.
Hoci je to legitímny nástroj, podľa kontrolórov sa používa nad rámec objektívnej potreby. V roku 2020 tento rapídny nárast rozpočtových opatrení spôsobila najmä mimoriadna situácia súvisiaca s nástupom pandémie COVID-19.
Analýza rozpočtových opatrení, ktorú vykonali analytici NKÚ ukázala, že celkovo sa v rámci „covidových“ rozpočtových opatrení presunulo v minulom roku medzi kapitolami bezmála 2,9 miliardy eur. Nie všetky rozpočtové opatrenia však bolo nutné realizovať, dokonca sa ukázalo, že inštitút rozpočtových opatrení sa použil zbytočne. Napríklad rezort vnútra prijal z kapitoly všeobecnej pokladničnej správy 44,5 milióna eur, následne poslal späť 250 miliónov eur, a tých istých 250 miliónov eur získal opätovne do svojho rozpočtu o tri mesiace neskôr.
V súčasnosti je programové rozpočtovanie využívané najmä na zber informácií a operatívne každoročné riadenie rozpočtu. Chýba strednodobé riadenie a priame prepojenie rozpočtov na dosahovanie cieľov a možnosti programového rozpočtovania nie sú naplno využívané.
Národní kontrolóri v priebehu auditu identifikovali rozdielnu kvalitu v prípade programového rozpočtovania, kde viaceré ministerstvá v rámci svojich rozpočtov dlhodobo nedodržiavajú metodické pokyny a usmernenia rezortu financií. Z hľadiska otvorenosti a transparentnosti identifikovalo NKÚ aj rezervy v zrozumiteľnosti rozpočtu pre bežného občana. Samotný rozpočet, ale aj záverečný účet štátu sú rozsiahle technické dokumenty, v ktorých sa podstatné informácie strácajú.