Ak sa bude rekonštruovať Hlavná stanica, Doležal deklaruje, že to bude v súčinnosti s mestom Bratislava. „Nie je to len o budove, ale aj o priestore pred stanicou. Rozprávali sme sa už o tom s primátorom Matúšom Vallom,“ povedal minister s tým, že aj tu je potrebné najprv nájsť zdroje financovania.
Bratislavský magistrát opakovane tvrdí, že Hlavnú stanicu a priestor okolo nej treba riešiť jednou veľkou architektonickou súťažou. Vallo v roku 2018 v rozhovore pre TASR povedal, že Hlavná stanica i plánovaná budúca stanica Filiálka majú svoje výhody a aj nevýhody. „Filiálka bude výborná stanica pre prímestskú vlakovú dopravu. Hlavná stanica je zas dobrá pre smer do Rakúska, Prahy či na sever Slovenska. Bude to ako v iných európskych metropolách, ktoré majú viacero železničných staníc. Mojou prioritou však bude, aby sa Hlavná stanica zrekonštruovala,“ uviedol.
V minulom roku zverejnili Železnice Slovenskej republiky štúdiu realizovateľnosti uzla Bratislava, ktorá má zásadným spôsobom ovplyvniť vývoj železničnej dopravy v hlavnom meste. Dokument predpokladá, že do roku 2025 by sa malo začať pracovať na projektoch modernizácie bratislavskej Hlavnej stanice a revitalizácie úseku Bratislava predmestie – Bratislava filiálka. Do roku 2030 by sa tieto projekty mohli začať realizovať.