Úrad podľa neho zisťoval, ako je zabezpečené skvalitňovanie živočíšnej výroby prostredníctvom európskych fondov a štátnych dotácií. U prijímateľov finančnej pomoci tiež preveroval, či sú verejné prostriedky vynaložené efektívne a účinne.
Za posledných 30 rokov podľa NKÚ dramaticky klesol počet chovaného hovädzieho dobytka o 30 %, a ošípaných až o 80 %. Tento negatívny jav sa odrazil aj na poklese zamestnanosti. Kým ešte v roku 2005 pracovalo v poľnohospodárstve viac ako 81.000 ľudí, v roku 2016 to už bolo len 50 000 osôb. Tento pokles má podľa kontrolórov NKÚ negatívny vplyv na rozvoj vidieka. Zároveň je to v rozpore s cieľom národného Programu rozvoja vidieka (PRV), ktorý definuje kroky smerujúce k zvyšovaniu zamestnanosti a konkurencieschopnosti.
Kontrolóri NKÚ SR preto podľa Papajčíka konštatujú, že vytváranie podmienok na trvalo udržateľný rozvoj slovenského pôdohospodárstva sa nedarí napĺňať a finančné prostriedky poskytnuté z európskych fondov preukázateľne nezabezpečili zvýšenie výkonnosti sektora živočíšnej výroby. Negatívom je podľa NKÚ aj skutočnosť, že za ostatných 10 rokov sa výrazne zvýšil export živých zvierat do zahraničia, pričom jedným z dôvodov je nedostupnosť služieb pre ich druhotné spracovanie (bitúnky, kafilérie) a tiež vyššia výkupná cena. Kvalitné slovenské hovädzie a bravčové mäso tak končí na pultoch obchodov zahraničných predajcov.
NKÚ zdôraznil, že hoci je živočíšna výroba z hľadiska potravinovej bezpečnosti jedným z hlavných sektorov poľnohospodárstva, podpora pre rastlinnú výrobu je nepomerne vyššia ako pre živočíšnu. Celková podpora priamymi platbami sa postupne zvyšovala z 203 miliónov eur v roku 2005 až na 408 miliónov eur v roku 2016. Reálna finančná podpora pre živočíšnu výrobu však mala kolísavý trend a v roku 2016 pre chovateľov zvierat išlo len 54 miliónov eur, kým zvyšných 354 miliónov eur smerovalo do rastlinnej výroby.
Zo strategického hľadiska je podľa úradu závažným faktom pre slovenské poľnohospodárstvo aj skutočnosť, že domáci farmári dostávajú v prepočte na 1 hektár výrazne menej financií ako ich kolegovia z ostatných európskych krajín. V rámci krajín V4+2 je to dokonca najmenej (napríklad Malta má 1720 eur/hektár (ha), Rakúsko 506 eur/ha, Česko 313 eur/ha, Maďarsko 283 eur/ha, Slovensko 245 eur/ha, Rumunsko 115 eur/ha, priemer EÚ je 289 eur/ha). NKÚ SR preto odporúča rezortu pôdohospodárstva zamerať pozornosť na financovanie živočíšnej výroby vo väčšej miere, ako tomu bolo doteraz.
Z analýzy verejne dostupných dát je podľa NKÚ zjavné, že Slovensko je schopné produkovať dostatok živých zvierat na pokrytie domácej spotreby. Napriek tomu v ostatných rokoch kontinuálne rastie dovoz zvierat, čerstvého, chladeného aj mrazeného mäsa. Pri navýšení cielených investícií do tohto sektora a pri nastavení správnej štátnej stratégie by bol slovenský trh schopný absorbovať kvalitnú produkciu slovenského hovädzieho a bravčového mäsa.
Národná autorita pre oblasť externej kontroly považuje za významný nedostatok aj absenciu národnej stratégie živočíšnej výroby. Totiž len jasné nastavenie nástrojov, cieľov a spôsobu vyhodnotenia môže byť predpokladom efektívneho a účinného riadenia danej politiky, môže viesť k udržateľnému rozvoju spoločnosti.
Na základe výsledkov kontroly 70 projektov v hodnote takmer 20 miliónov eur kontrolný úrad tiež konštatoval, že naďalej pretrvávajú závažné nedostatky v Pôdohospodárskej platobnej agentúre (PPA), kde je nespoľahlivý systém vnútornej kontroly. Jednou zo systémových chýb je, že kontroly využitia príspevkov priamo na mieste sa vykonávali formálne a nepreukázateľne.
Kontrolóri NKÚ práve preto odporúčajú vedeniu rezortu pôdohospodárstva zvýšiť dohľad nad PPA a musí vyžadovať od agentúry cielený výkon tematických kontrol zameraných na rizikové segmenty jej agendy. NKÚ SR totiž vníma absenciu plne funkčných kontrolných a monitorovacích mechanizmov ako kľúčový problém pri vyhodnocovaní efektívneho a účinného poskytovania nenávratných finančných prostriedkov z európskych, ale aj národných zdrojov.